Depuis quelques années, le système éducatif burundais connaissait un accroissement important des effectifs de l’enseignement secondaire et risquait de déboucher sur une impasse si rien n’était fait au niveau de l’enseignement supérieur. La création de l’Université privée de Ngozi, la première de son genre dans le pays, venait alors appuyer la seule université publique qui existait jusque là au Burundi .En effet, cette université n’ayant qu’une capacité de 4000 étudiants était déjà saturée avec un effectif de plus de 7 000 étudiants.

L’Université de Ngozi veut aussi apporter un remède, à l’effectif faible de la population estudiantine du niveau supérieur (1 étudiant pour 1000 habitants contre la moyenne africaine déjà très faible de 3 pour 1000 habitants).

L'Université de Ngozi, créée par l'Assemblée Constituante du 17 avril 1999 et agréée par l'Ordonnance Ministérielle n°530/264 du 7 mai 1999, est le résultat d'un projet communautaire et privé, qui vise le développement des communautés locales en particulier et le développement de l'enseignement supérieur et du pays en général.