En 2009, l'Université de Ngozi (UNG) a célébré ses 10 ans d'existence, 10 ans de lutte pour exister qui lui ont permis d'intégrer le réseau des meilleures universités de l'Afrique de l'est.

L' Université privée de Ngozi, la première créée au Burundi et à l'intérieur du pays, est née grâce  à la décision de l'Assemblée Constituante du 17 avril 1999 et a été agréée par l'Ordonnance Ministérielle n°530/264 du 7 mai 1999.

A l'époque, le système éducatif burundais connaissait un accroissement important des effectifs de l’enseignement secondaire et la situation risquait de déboucher sur une impasse si rien n’était fait au niveau de l’enseignement supérieur. La création de l’Université de Ngozi est alors venue appuyer et désengorger la seule université publique qui existait jusque là au Burundi, et qui était déjà en sur-effectifs (7000 étudiants pour 4000 places en 1999). L'objectif était de soutenir le développement de l'enseignement supérieur dans un pays qui ne comptait alors qu'un étudiant pour 1000 habitants, un chiffre très en-dessous de la déjà faible moyenne africaine (3 étudiants pour 1000 habitants en 1999).

Imaginé en pleine guerre civile, le projet communautaire qui a donné naissance à l'UNG visait aussi à offrir aux jeunes burundais une alternative à la violence, en leur permettant de continuer à étudier malgré le conflit. De fait, la seule université de l'époque, l’Université publique du Burundi, a été particulièrement soumise à la violence et aux déchirements communautaires qui ont ensanglanté le pays. Des étudiants des premières promotions de l’Université de Ngozi (sortie en 2003) avaient commencé des études à l’Université du Burundi, études qu’ils ont dû abandonner du fait des violences et du climat de peur qui régnaient à Bujumbura, notamment à l’Université.